328 parlamentariker röstade emot förslaget och 278 för, men det krävdes en större majoritet än så för att kunna fälla det.
Kommissionens förslag om att kärnkraft och naturgas ska betraktas som gröna alternativ i EU:s så kallade taxonomi går därmed igenom.
Hätsk debatt
När EU-kommissionen i vintras föreslog att investeringar i både kärnkraft och naturgas borde kunna klassas som gröna inleddes en bister kamp både i och mellan olika medlemsländer och politiska partigrupper.
Framför allt från miljöhåll har kritiken varit besk. EU-kommissionen har anklagats för att säga ja av politiska skäl, för att glädja både det kärnkraftsvänliga Frankrike och det gasglada Tyskland.
Det här är bara ett politiskt spel från Frankrike, fnös nederländske EU-parlamentsledamoten Bas Eickhout från miljöpartiet Groen Links i en debatt i går.
Med tiden har striden också kommit att handla om storpolitik och energisäkerhet. Kärnkraftsanhängarna ser kärnkraften som helt nödvändig i ett läge där energipriserna stadigt stiger och EU-länderna måste göra sig mindre beroende av rysk energi. Å andra sidan kan just Ryssland tjäna mycket på om naturgasen anses vara grön.
Höger mot vänster
Stridslinjen i EU-parlamentet har i grova drag gått mellan höger och vänster. Så har det varit även i Sverige.
EU-parlamentarikern Jytte Guteland (S) beskriver onsdagens resultat som en missad möjlighet att hindra den fossila naturgasen.
"Det försvårar arbetet med att få ner klimatutsläppen och göra oss oberoende av Putin", skriver hon i en kort kommentar.
Att påstå att fossilgas är hållbar är vansinnigt, anser Jakop Dalunde (MP). Han beskriver beslutet som ett misslyckande som urvattnar hela taxonomin, "som i grunden är ett bra system". Det här innebär att EU:s nya instrument blir helt oanvändbart, tycker Malin Björk (V).
Liberalernas Karin Karlsbro beskriver det tvärtom som en vinst för Europas energiförsörjning:
"Om man vill främja en utveckling där vi inte är beroende av gas, oavsett varifrån den kommer, måste man säga ja till taxonomin. Det går inte utan kärnkraften", skriver hon i en kommentar.
Allt eller inget
Om parlamentet hade fällt förslaget så hade kommissionen fått gå tillbaka till arbetsbordet. Parlamentarikerna hade dock inte möjlighet att enbart godkänna antingen gasen eller kärnkraften, utan det var allt eller inget som gällde i voteringen.
Förslaget innebär varken något förbud mot att investera i kärnkraft och gas eller att någon tvingas investera i energikällorna mot sin vilja.
Motståndarna anser dock att själva taxonomisystemet riskerar att bli värdelöst om investerare drar sig för att använda det, om det ses som ovetenskapligt.
Anhängarna är i sin tur oroliga för att ett nej nu försenar eller rentav stoppar nödvändiga investeringar i branschen.